WQI giúp diễn giải dữ liệu chất lượng nước nhưng không thay thế các phép đo riêng lẻ hoặc đánh giá chuyên ngành.
Khi quan trắc nước, người sử dụng có thể nhận nhiều giá trị như pH, DO, TSS, COD hoặc amoni. WQI là phương pháp tổng hợp dữ liệu theo quy tắc xác định, không phải một cảm biến.
Muốn gọi tên một chỉ số cụ thể cần công bố phương pháp, danh mục thông số, thời gian tổng hợp và cách xử lý dữ liệu thiếu. Kết quả tại một điểm đo cũng không tự động đại diện cho toàn bộ sông hoặc hồ.